Dedicado a San Francisco de Paula, de quien recibe su nombre. Con extendida devoción, a fines del siglo XVIII, fue construida una capilla en honor de este santo, y a fines del mismo siglo sustituida por el actual templo en la calle de Guerrero.

Patronos de la construcción fueron don Antonio Oñate y Zepeda, donador del dinero para su reedificación en el año 1799, y don José de Alcántara, quien actuó como constructor.

Obra atribuida al arquitecto celayense Francisco Eduardo Tresguerras, por su calidad dentro del estilo neoclásico del cual fue genio y propagador, la obra contiene rasgos notables, como lo es el hecho de presentar planta de una sola nave, pero sin cruceros, y el remate del presbiterio en un ábside semicircular, elementos ambos que recuerdan las plantas de las primeras construcciones paleocristianas.

Su fachada única es notable para la ciudad: es el único edificio no contemporáneo que presenta un pórtico a la manera neoclásica, formado por cuatro columnas y denotando un orden total entre columna, friso, arquitraba, frontón, tímpano y cornisa; composición propia del renacimiento de los órdenes clásicos griegos.

El remate de la fachada está conformado por elementos disímbolos entre si, pues mientras las esculturas recuerdan los trabajos de los indígenas en el siglo XVI, los pilones superiores son clara remembranza de los pináculos góticos. Su única torre es sinónimo de sobriedad, armonía y buen gusto.